KAIRUN白粉藤属

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无法研究这些基因、转座子和性状的整体进化和遗传结构

  近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所薛勇彪研究组结合梁承志研究组、John Innes核心Enrico Coen研究组和华大基因等研究团队,操纵第二代Illumina基因组测序平台和第三代PacBio单分子测序手艺,连系遗传图谱辅助拆卸策略,完成了对栽培金鱼草(Antirrhinum majus cv. JI7)的全基因组序列测定。

  金鱼草(Antirrhinum majus L.)也称龙头花(snapdragon),车前科多年生草本动物,因花似金鱼或龙头而得名,是常见的盆栽、切花及天井抚玩的园艺花草,在古罗马时代就已完成了驯化。在过去的三十年中,金鱼草不断作为分子和发育遗传学的模式作物,良多环节基因是在金鱼草中被初次发觉,包罗MADS家族成员DEF、TCP家族成员CYC、节制花瓣表皮细胞外形的MYB基因MIXTA、花色基因ROSEA、VENOSA以及节制自交不亲和的SLFs(S-Loucs F-box)等。金鱼草中内在活跃的转座子推进了基因的分手和阐发。可是,迄今为止,这些研究都是在贫乏基因组序列前提下进行的,无法研究这些基因、转座子和性状的全体进化和遗传布局。

  该研究成果于1月29日在线颁发在Nature Plants杂志(DOI:10.1038/s4-9)。薛勇彪研究组李苗苗、张冬芬、张辉,梁承志研究组高强、马斌,中科院北京基因组研究所骆迎峰和华大基因陈春海为论文的配合第一作者,薛勇彪、梁承志、Enrico Coen和华大基因尹烨为论文的配合通信作者。该研究获得中科院计谋先导项目、国度科技部及国度天然科学基金委的经费支撑。

  该研究获得了金鱼草(2n=2x=16)8条染色体的分子序列510Mb,笼盖度为97.12%,正文了37714个卵白编码基因,演讲了一个近乎完整的金鱼草基因组。通过对序列的比力阐发显示,车前科与茄科在大约六千二百万年前从其比来的先人处分隔并在大约四千六百万到四千九百万年前发生了全基因组复制事务,该全基因组复制对金鱼草中与花不合错误称性相关的TCP基因家族进化具有主要贡献。此外,该研究发觉金鱼草的假S位点(ψS-locus)在大约2Mb的序列上含有102个基因,此中包含37个SLF基因但缺失S-RNase,提醒该花柱因子的丢失是栽培金鱼草获得自交亲和性状的次要缘由,并发觉栽培金鱼草S-位点与野生金鱼草S-位点之间具有高度的共线性。综上,金鱼草基因组的破译将极大加快这个模式生物的基因组学和进化研究。

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